Γεννήθηκε στη Θεσσαλονίκη το 1921 όπου είχε πάει η οικογένειά του που ήταν μόνιμα εγκατεστημένη στο Ναύπλιο. Από πολύ μικρός διδάχτηκε κιθάρα, μπουζούκι και ούτι από τον Θεσσαλονικιό μουσικοδιδάσκαλο Γιώργο Λώλο, ενώ πήρε και μαθήματα βιολιού. Λίγο πριν το 1935 η οικογένειά του επέστρεψε στο Ναύπλιο, όπου άρχισε να εργάζεται ως μουσικός, παίζοντας ούτι. Γιος του "βαρύμαγκα" και "καυγατζή" Πειραιώτη Διαμαντή Χιώτη και μιας δυναμικής γυναίκας που διατηρούσε στο Ναύπλιο το πιο αριστοκρατικό Μπαρ, με τις πιο όμορφες κοπέλες για σερβιτόρες και με πελάτες τους πιο αριστοκράτες της εποχής εκείνης. Ο Μανώλης μεγάλωσε σαν αρχοντόπουλο στο Ναύπλιο στα χέρια αυτών των κοριτσιών, με τα χάδια, τα φιλιά και τις τρυφερές φροντίδες τους, μέσα στη χλιδή και στα πλούτη της σπάταλης μητέρας του (που δεν άφησε ποτέ να του λείψει τίποτα) και διατήρησε μέχρι τον πρόωρο θάνατό του την αριστοκρατική του εμφάνιση και τον χαρακτήρα του. Η καταγωγή του προπάππου του ήταν από τη Χίο, γι' αυτό και το όνομα Χιώτης.
Το 1936 έρχεται στην Αθήνα & την πρώτη του ολιγοήμερη εμφάνισή του την έκανε στα «Παγώνια» (στη Σωκράτους και Αγίου Κωνσταντίνου γωνία). Μετά από εμφανίσεις που διαρκούσαν λίγες μέρες εμφανίστηκε σαν επαγγελματίας στο «Δάσος», στο τέλος του 1936, πλάι στον Στράτο Παγιουμτζή που τον πήγε στην «Κολούμπια» όπου σε ηλικία 16 ετών, υπόγραψε συμβόλαιο ως «διευθύνον πρίμο όργανο» και για πολλά χρόνια ήταν ο βασικός εκτελεστής της Columbia και με ορχήστρα που αποτελείτο από μπουζούκι, σαντούρι, κιθάρα και βιολί.
Το 1937-38, φωνογράφησε και το πρώτο του τραγούδι «Γιατί δεν λες το ναι» (Το χρήμα δεν το λογαριάζω) με τον Στράτο Παγιουμτζή. Αμέσως μετά γνωρίζεται με τον Μπαγιαντέρα και παίζει μαζί του στις κλασικές εκτελέσεις των προπολεμικών επιτυχιών του, "Νυχτερίδα", "Μ' έχεις μαγεμένο", "Ζούσα μοναχός χωρίς αγάπη" και άλλα. Αμέσως μετά την απελευθέρωση, εισαγάγει για πρώτη φορά τον ενισχυτή στις εμφανίσεις του στα κέντρα και διαμορφώνει στο οργανοποιείο του Ζοζέφ το οκτάχορδο μπουζούκι. Στο πάλκο, χρησιμοποιεί δύο μπουζούκια. ένα κλασικό, με μεταλλικές χορδές, κι ένα με χορδές από έντερα, ώστε η χροιά του να μοιάζει με το ούτι.
Στη δεκαετία του '40 γράφει τη μια επιτυχία μετά την άλλη: "Πάλι στις τρεις ήρθες εχθές να κοιμηθείς" (Ντουο Χάρμα), "Θα σου πω το μυστικό μου" (Μ. Νίνου), "Το φτωχομπούζουκο" (Στ. Τζουανάκος), και άλλα. Το 1950, γράφει σε στίχους του Ν. Ρούτσου (που του έδινε μετά από συμφωνία στίχους που απέρριπτε ο Τσιτσάνης) "Τα πεταλάκια" και την ίδια χρονιά το "Σ' αυτό το φτωχοκάλυβο" με την Στέλλα Χασκίλ.
Το 1954 παντρεύεται την πρώτη του γυναίκα, την τραγουδίστρια Ζωή Νάχη και αποκτά μαζί της δύο παιδιά. Λίγο αργότερα γνωρίζει τη Μαίρη Λίντα, και κάνουν μαζί το ανεπανάληπτο ντουέτο που κυριάρχησε στο Ελληνικό τραγούδι μέχρι το '66, οπότε και χώρισαν (είχαν παντρευτεί το '59). Ανεπανάληπτες επιτυχίες, κλασικές φιγούρες στον κινηματογράφο και λάτιν ρυθμοί που κορυφώνονταν σε οργιαστικά σόλα. Παράλληλα δίνει και εκπληκτικά, κλασικού ύφους, σουξέ στον Στέλιο Καζαντζίδη, κυρίως σε στίχους του Χρήστου Κολοκοτρώνη.
Το 1959 ενορχηστρώνει τον "Επιτάφιο" του Μίκη Θεοδωράκη, που έχει κάνει ήδη μια αποτυχημένη έκδοση, και τον απογειώνει. Ακολουθούν "Λιποτάκτες", "Πολιτεία" και "Αρχιπέλαγος". Με τις ενορχηστρώσεις του Χιώτη και τις φωνές των Λίντα, Μπιθικώτση, Καζαντζίδη, Μαρινέλλας, τα έργα του Θεοδωράκη, αλλά και του Χατζιδάκη - του οποίου υπήρξε για καιρό σολίστας - αποκτούν λαϊκή απήχηση. Είναι ουσιαστικά αυτός που ανοίγει το δρόμο στους άλλους λαϊκούς μουσικούς να συνεργαστούν με τους λόγιους συνθέτες, με αποτέλεσμα την έκρηξη του λεγόμενου "Έντεχνου".
Εξαιρετικός ουτίστας, κιθαρίστας και βιολιστής, αφομοίωσε γρήγορα ετερόκλητα ακούσματα στις συνθέσεις του, ενώ είναι ο πρώτος που χρησιμοποίησε και τα τέσσερα (ενίοτε και τα πέντε) δάχτυλα για να παίζει. Την μεγάλη του φήμη, ωστόσο, την οφείλει στο μπουζούκι. Τέλεια τεχνική, ταχύτατο, αλλά όχι βερμπαλιστικό παίξιμο, εκπληκτικά ταιριαστές εμπνεύσεις στους αυτοσχεδιασμούς.
Άπαντες οι κορυφαίοι μπουζουκτσήδες, μιλούν με σεβασμό και δέος, απονέμοντας του τα πρωτεία της εκτελεστικής επιδεξιότητας. Τα τελευταία πέντε χρόνια της ζωής του ήταν και τα πιο δραματικά. Χωρίζει με την Λίντα (πράγμα που του στοίχισε πολύ), κάνει αποτυχημένες συνεργασίες και ο καρκίνος αρχίζει να τον κατατρώγει. Τελευταίο τραγούδι, με τη φωνή (κατά παραγγελία) του Νίκου Χατζηαντωνίου: "Θα κάνω ότι πέθανα να δω ποιοι μ' αγαπούνε..."
Η τελευταία εικόνα, ο θλιβερός επίλογος μιας ζωής 49 ετών, μοιρασμένης ανάμεσα στην πίκρα, τον ενθουσιασμό, τη δόξα, το μεγαλείο και την αδικία: 21 Μαρτίου 1970, στο Α' νεκροταφείο Αθηνών, ο Γιάννης Καραμπεσίνης παίζει με το μπουζούκι του Χιώτη τα "Ηλιοβασιλέματα" και το δακρυσμένο πλήθος τραγουδά. Μαζί και οι τρεις συντρόφισσες της ζωής του: Ζωή Νάχη, Μαίρη Λίντα, Μπέμπα Κυριακίδου.
